他最关心的事情却是编制《崇祯历书》，每天都窝在书房里写写算算，要不就是和钦天监那帮人交流一下讯息，除此之外再无应酬。虽然身为炙手可热的六部尚书之一，却几乎像个独来独往的隐士，和朝中任何一派都没什么冲突，也没什么特别亲密的交情。
但这回徐光启上书却是理直气壮——他为自己的学生孙元化求情。原登莱巡抚孙元化在处置山东兵变的过程中表现拙劣之极。登州失陷，莱州被围，当地官员或死或俘……要不是孙元化应对失措，原本区区一场闹粮闹饷的兵变根本达不到现在这个地步。孙元化虽然拒绝了孔有德拉他一起造反的企图，坚持返回京师，但一回北京城便被打入天牢，朝中普遍意见是此人罪该万死，就等着秋后问斩了。
但徐光启还是必须上这个折子，孙元化是他的入室弟子，跟着他一起信奉了西洋天主教的。按照当时习俗，师生关系堪比父子，现在学生进了大狱，作老师的肯定要关心一二，否则必遭风评讥刺。徐光启先前已经上过一回折子，不过没能掀起什么波浪，在内阁就被打回了。
现如今就因为钱谦益那一句话，朝廷中暗潮汹涌。老头子徐光启虽然不喜欢介入政治上那些勾心斗角，却决非没有考量之人。钱谦益那句话同样传入他的耳中，略作思量之后，这位明末第一大科学家立刻意识到:这也许是唯一的，也是最后的机会，可以保住自己学生的性命。虽然也许会因此引朝中势力的大混战，但现在也顾不得了。
于是老头子第二次上了求情折，他的要求并不高，废为庶人，流放偏远之地都没问题，只要求保住孙元化一条命。本来孙元化犯下的罪行太重，谁都怕沾上边，除了徐光启等关系密切脱不开的，旁人都是退避三舍，自然也不会为他说话。上一次就是这样，但这回，正如徐光启所预料的那样:辅周延儒很有放孙元化一马的意思——孙元化当初是他出面保荐担任登莱巡抚的。
按理说身为辅，举荐官吏乃是职责，其中一两个出了事情应该怪不到他身上，先前周延儒就是这么想的，便没在意孙元化的死活。不过现在，经过一番推演之后，有状元之才的周延儒已经敏锐意识到:孙案很可能牵连到自己身上，而且会成为致命弱点，必须要小心应对。所以，孙元化不能死！
于是周延儒在内阁商议时便明显表露出同情之意，当然他不会说孙案和自己有