崇祯皇帝朱由检比较推崇的是张居正的改制！
明神宗继位时，年纪还小，国家大事完全由大学士张居正决定，张居正实际上行使了皇帝的职责，他可以指挥东厂和锦衣卫对贪官污吏进行调查；随时可以用以前只属于皇帝的权力进行惩罚。还对以往独立的都察院进行控制，以避免以前弹劾奏章满天飞的情况。
他不但起用水利专家潘季驯、名将戚继光、李成梁等人，还派人清量全国土地、创立‘一条鞭法’，而且利用科道以加强行政纪律。他要求科道官员们运用他们的弹劾权力支持他的计划，而不要在琐碎而肤浅的问题上互相攻击。张居正要求政府报告中提及的任何问题都必须在按时解决。他要求富人的欠税必须全部征收，盗匪必须全部捕获。还要求中央政府每月和每半年要总结任何没有完成的公务，不然长官就要受罚。
总之，张居正就象凤姐掌管宁国府一样，在不对行政机构进行改革的前提下，通过施加压力，使明朝的国家机构以惊人的高效进行运转。同样，他也受到过惯了好日子的官僚们的憎恨。
就在张居正励精图治时，万历皇帝由孩子变成了青年，这个在宫中的皇帝，有一次去慈宁宫，遇见一个宫女，宫女连忙向皇上请安，神宗叫她起来，见她面目端好，举止幽娴，问她姓名，宫女说她姓王。神宗仔细端详了一会，向她要水洗手。宫女端水过来。神宗见她双手苗条洁白。就叫周围人都下去。然后就有了一次欢愉。
万历皇帝和其他任何人没有想到，这件事在将来会深刻地影响整个明王朝！
几个月后的一天，神宗的生母李太后突然命令宫中设宴，连陈太后（穆宗皇后）也一块前来入座，和神宗一起吃饭。席间突然说：“宫女王氏蒙皇上临幸，已经怀孕。神宗听了闹了个大红脸，口中还要抵赖，说是没有此事。李太后却把内起居簿录扔给神宗说：“你去看明。曾否妄载？”神宗无可抵赖，只好册封王氏为恭妃。王氏的孩子就是皇长子朱常洛。
不久张居正死了，官员们象拉车的马一样被他拿鞭子驱赶着累死累活工作了十年，早就怨气冲天，纷纷上奏折弹劾张居正作威作福、虚伪狡猾、霸道专横。这些大多不是事实，但正所谓“慌言重复一千遍就是真理”，加上万历想起自己的老师张居正曾经强迫自己严格的个人品行准则，过着俭朴生活。而老师自己却过着奢侈浪费的生活时，再也忍不住了，神宗下令籍没张居正的财产。并把他的几个儿子发戍边疆，张居正的长子也被逼自杀。同时。下诏公开指责张居正的罪恶。张居正的‘罪恶行为‘于死后被揭发对万历皇帝有深远影响。他不再相信任何人，除了他宠爱的郑贵妃。
万历十四年正月，郑妃生下一子，取名朱常洵。
开始，万历皇帝曾经想象张居正一样亲自掌管天下大事，但神宗很快发现，二十岁的自己缺乏政治经验，根本控制不了局面。御史们在奉旨清算张居正追随者时，胡言乱语地给任何自己看不惯的大臣扣一顶‘张党’的帽子，最后连万历皇帝也看不下去了。他愤怒地质问御史们：“如果皇帝任命的人都不中他们的意，都是贪官污吏，那他们推荐几个清官和忠臣呀？”这些以忠诚勇敢闻名的御史们哑口无言。的确，除了指责别人外不做任何事的人永远不会出错。
万历皇帝很快对国务感到厌倦，但真正导致明朝统治集团四分五裂的是‘争国本’（立谁为太子）事件。万历皇帝最宠爱的无疑是郑贵妃。传说郑贵妃父亲因为家里贫苦，曾将女儿许给一位秀才做妾，临别时父女相对抱头痛哭。秀才好心，看这情形大为不忍，情愿不要人，也不索还聘礼。郑贵妃感激万分。入宫得了宠幸，就告诉神宗说：“妾非某孝廉，哪得服侍陛下？”神宗就把秀才提拔为县令，几年后又当上了盐运使。
郑贵妃活泼大胆，敢于挑逗和嘲笑皇帝，同时又倾听皇帝的诉苦，鼓励皇帝增加信心。曾对皇上撒娇说：“陛下，您真是一位老太太！”
的确，神宗总的来说是个宽厚的人。在他统治时期，很少让厂卫特务骚扰官吏和百姓。
郑贵妃生子后，万历皇帝立刻册封郑氏为皇贵妃，位于皇后之下而在其他妃嫔之上。子以母贵，常询超越常格而立为皇储，就可以顺理成章。然而在绝大部分文官看来，这是以幼苗长，