几十年以前的昭和时期，调差负能量而来到地球上的爱迪奥特曼，击败了神出鬼没的幽灵船巴拉克什部。这看似是由爱迪奥特曼打败的巴拉克什部，真的已经死了吗这日，在渤海海域底部，又开始了一种结合各种强力机械地结合，逐渐合成了一种船只的形状……
某日，行驶在太平洋上的一艘运输船只正在往京都运输着货物。当行驶到某一区域时，突然，海面上翻起了大海浪，一艘巨型战舰正缓缓升起，稳定下来后，战舰上的各种舰炮朝着运输船射击而去，将运输船炸的片甲不留；之后，巨型战舰消失在了海平面上。接下来的一段时间里，时常发生着此类事件，前去调查的防卫军队员们一无所获；当再一次发生军舰袭击事件时，还在调查的小兰和周龙正巧在附近，火速赶了过去，终于使战舰露出了真正的面目，还救下了运输船队上的一干人等。
在防卫军作战室里，当在屏幕上放射出周龙、小兰拍到的战舰的样子时，无人能说出它是属于什么地方的舰种；这时候，岚君好像想到了什么，走进美琪:“美琪，你调查一下昭和时期，为了调差负能量而来地球的爱迪奥特曼那时候的资料吧。找到后输入‘幽灵船巴拉克什部’出来看看，我觉得两者很相似。”当把那时候的照片与这这时的照片连在一起一看，队员们吓了一跳:这也太像了吧。这时，大艾走了进:“或许是别的什么原因使它又复活了呢。等下次出来，好好调查一下吧。”
在这件事情之后的一个月后，那艘神秘的战舰终于又出现了，在黄海海域正在袭击地面的防御设施。防卫军出动了，一面进攻军舰，另一面疏散群众们。这时，防卫军机库里，大艾的专机——rs战机出发了，在接近战舰后，大艾调将rs调为了自动操作后对其下令:“请自由进攻。”之后，跳出机舱变身了。在地面和军舰之间，风狄落了下来。见到军舰的那一刻，风狄终于知道了，这正是幽灵之船——巴拉克什部！！只是，这是它的另一个形态。只有将内部的灵魂完全销毁方才彻底将其消灭。正当风狄发射禁锢射线时，幽灵船传出一阵白雾笼罩着自己，消散后，幽灵船也跟着消失了，只留下了风狄在海面上。
出现在rs里的大艾还在思索着幽灵船消失的原因时想着:难道是仅仅想把现在的奥特曼先引出来吗若真是如此，接下来就比较麻烦了。进入总监室后，然然问:“它走了”大艾点了点头，然然说:“走的原因我知道了，就是对你有了个初步判断，下次相遇就不好对付了哦。”大艾听后笑了笑:“下次一定会赢的，因为，无心的机器战舰，是永远无法战胜有心的人类的！！”
接下来的几天里，所有人员开始了对巴拉克什部进行了全方位的分析，以及研究出对付它的方法。一日之后，当早晨的阳光照进窗户之时，一阵欢呼从周龙、岚君的房里传了出