华人士兵侵袭骚扰当地居民不是偶然事件，在李明远的严厉命令下，相继发现五六起华人士兵违反军纪事件。
随着调查的深入，发现吸食鸦片的华人士兵有一千多人，而违反军纪的士兵几乎全部有吸食鸦片和其他的恶劣行为。
一支强大军队的塑造需要花费几年时间，而混入部队中的害虫则很容易侵蚀军队的战斗力，毁掉一支部队。
千里之堤，毁于蚁穴，对于违反军纪的士兵，李明远没有心慈手软，指示刘朴按照军法审理，该杀头的杀头，该惩罚的惩罚。
三天之内，被查出的一千三百名华人士兵有二百人被判处死刑。其他人等分别被判处不同年限的劳动改造。
审判决定出来后，很多部队里的军官找到刘朴求情，请求对这些士兵从轻发落。可是却被刘朴一句“审判决议已经交由世子过目”打发走。
李明远治军严厉，而且刘朴的审判是以军法为依据。如果他们敢向李明远求情，肯定没有好果子吃，因此，求情的军官一个个偃旗息鼓，回去提醒手下士兵严格遵守军纪，不要落在刘朴手里。
一次判处两百多士兵死刑确实有些严厉，可是为了整顿部队风气，杀鸡儆猴，李明远不得不这样做。
不加甄别地强迫华工加入军队，在华工面临生死存亡的时候是不得已的选择。
歼灭秘鲁南部主力军队，和秘鲁总统佩德罗达成交易后，李明远已经认识到，
一支充斥着不同人等的部队存在的缺点，那就是在部队胜利的时候，整支队伍可以凝聚为一个整体，
可是一旦遇到强大的敌人，队伍很可能因为人心纷杂而分崩离析。
为了解决部队存在的问题，一个月前，李明远把部队重新编组，整编后的野战军作为华人独立军的核心力量，战斗力稍逊一筹的士兵则划归警备军指挥。
令李明远欣慰的是，这次被抓获的士兵绝大部分是警备军和后勤部队的士兵，野战军只有五六个士兵因为喝酒耽搁了训练被罚，这起码证明了前段时间的部队整编是成功的，编组起来的野战军士兵军纪比警备军强的多。
华人独立军现行的军法沿袭太平军军法，对于很多士兵违反军纪的问题界定不清，所以遇到不好判决的士兵违法问题，刘朴还要亲自向李明远请教。
“刘朴，现在的军法漏洞和不合理的地方不少。你看这一条：士兵顶撞上官，当众鞭刑十次。”处理完士兵违法问题，李明远向刘朴指出一处军法的不合理处。
“世子，军队之中上下等级分明，士兵顶撞上官施行鞭刑算不了严厉的处罚。以前在天国时，士兵顶撞上官还有直接被判处死刑。”
封建军队中，随意体罚打杀士兵的现象很常见，李明远要打造的是一支近代化的军队，所以必须要废除落后的封建军法。
“刘朴，我们的眼光要放长远一些，
现在不是以前国内混战争夺天下的时候，西方列强军事工业发展迅速，封建式的满清军队在面对西方列强时不堪一击，我们也要吸取教训，不光要在武器装备上追赶西方列强军队，在部队管理上也要向他们学习，
师夷长技以制夷，对于华人独立军有好处的方面，我们要认真向列强学习，不能再拘泥于以前的认识。”
列强军队强大是有目共睹的事实，大部分华人和刘朴一样认为洋人强大是因为他们武器装备先进的因素，没有考虑更深层次的原因。
“这里是我新编写的军法条例，你看看没有问题的话就公布出去。”刘朴同
意后，李明远把准备好的《军法条例》
拿出来