剩下约8000人，而第四方面军尚有8万之众，且武器精良，装备整齐。
当时张国焘与毛泽东的分歧与斗争加剧。毛泽东要求张国焘率部“北上”，而张国焘则意欲“挥师南下”。张国涛曾拍发了一份密电给陈昌浩，指示陈昌浩劝毛泽东与其一并南下，“如他们不听劝告，应监视其行动。若坚持北进，则应开展党内斗争，彻底解决之”。这份电报流露出的“杀机”是显而易见的。
当时的“左路军”参谋长叶剑英，截获此“密电”后，立即连夜策马飞奔，前往毛泽东驻地密报。毛泽东大惊失色，当夜即率“党中央”及部队秘密“北上”，迅速撤离“险境”，这就是党内传闻的所谓“密电事件”。毛泽东曾称赞叶剑英每逢大事不糊涂，指的就是这件事。毛泽东与陈昌浩的嫌隙，恐怕盖出于此。为陈昌浩日后不得复出埋下伏笔。
但这一事关重大的“密电”，在事件发生后竟不翼而飞，而与此案有关的当事人，亦都
先后作古，使之变得疑窦丛生。陈昌浩本人生前则曾对儿子陈祖谟满含冤屈地表示，从来没有见过这样一份“密电”。多年来，一些当时的四方面军将士和党史研究者亦发表公开谈话和文章，断然否认“密电”的存在。
陈昌浩之所以在“密电”一事上大喊冤屈，用他的话来说根本就不曾见过这份密电。陈昌洁曾言及自己也是共产党的高级领导人，决不会做出自相残杀的糊涂事来，再说陈昌浩在四方面军也是“党指挥枪”，重兵在握，拥有八万人马，加上精良的武器和大片根据地，要想致毛泽东死地，相信易如反掌，可是陈昌浩根本没有对毛泽东下毒手意思。即便当时没有“密电”一事，陈昌浩也不可能成为毛泽东信任的人，概因陈昌浩已经卷入了毛泽东与张国焘的激烈路线分歧斗争漩涡之故。
兵败河西
西路军几万人马西渡黄河兵败河西走廊，是陈昌浩人生中最大的一个转折点。此后的陈昌浩在中国革命的舞台上销声匿迹，渐渐为历史所湮没。
1937年，红军西路军主力两万余人在甘肃一带被马家军围歼，全军覆没，成为红军史上最严重的一次惨败，只有数千幸存者侥幸逃脱，他们以后成为新组建的由邓小平、刘伯承指挥的“第一野战军”的骨干，而陈昌浩和徐向前均靠化装行乞才脱离危难。
半个多世纪以来，几乎所有过去出版的“党史”都异口同声称，这是由于该军领导人错误地执行了张国焘的“逃跑主义”和“分裂主义”路线的结果。但在近几年出版的一些党史研究专著和文章纷纷指出，根据中共中央档案馆的资料和徐向前元帅临终前所撰“回忆录”来看，当时的“西路军”领导人陈昌浩（军政委员会主席暨中共中央常委）和徐向前（总指挥），是严格按中央军委的电报指示指挥军队行动的。十一届三中全会以后，中央经过认真调查研究，作出了这支部队西渡黄河与转战河西走廊，是执行中央军委命令的结论。徐向前认为，这是实事求是的历史结论。因此，造成这次西路军全军覆灭的原因就不言自明了。
徐向前在其回忆录中暗示，陈昌浩的责任只是在于，由于担心再犯“路线错误”，未能及时反抗中央军委的指挥，而是逆来顺受、惟命令是听，从而遭到以骠悍的回民为主体的“马家军”的围歼。当时有两万红军战士埋骨高原，大批女兵被奸杀和沦为乞丐。中央军委应对此承担主要责任，而不应将责任推到西路军领导人之一陈昌浩一个人的身上，这已经成为党史界的共识。在短短几个月中，“中央军委”一会儿要求“西路军”“东进”，一会儿要求其“西进”，一会儿又要求其“原地待
命”。更为不可思议的是，当西路军损兵折将，好不容易杀出重围之后，“中央军委”竟不顾严峻情势，再次下令“原地坚持”，致使该军失去最后的生机，被紧追而来的敌军团团包围，数万红军将士被屠杀殆尽。
在西路军全部人马已不足万人，伤病号占1/3，处境十分危急时的1937年2月13日，西路军军政委员会致电中央说:“我们详细考虑及根据百余日苦战的教训，认为四军、三十一军此时不能归还建制夹击二马，则西路军无法完成西进任务。决心在甘州、抚高地区乘机击敌，俟天气稍暖即转到西宁、大通一带活动。因拼战而不能根本战胜敌人，