将德川家康和石田三成这两个心腹之患请出大坂后，照理说，秀保总算是可以静下心来处理政务了，但事实却并非如此。
经历此番大战，秀保已然开始在日本慢慢确立起了统治地位。在军事上，秀保依靠自身实力和安插在各地的盟友保持着绝对的优势；在政治上，他以秀赖后见的名义把持着丰臣政权的中枢，也是不可撼动；在经济上，他凭借庞大的石高和对勘合贸易的垄断，已经将丰臣宗家和其他大名远远甩在身后。
可就是在这样的形势下，大坂内外还是时不时地传出一些杂音，这主要还是在于秀保彻底废除了大老奉行制度。事实上，秀保当初和前田利政、宇喜多秀家、浅野长政说的比较模糊，只是明确废除了大老奉行联席会议，但还是保留了上述三人大老、奉行的职务，一定意义上仍让大老奉行制度苟存下去。但随着形势对秀保逐渐有利，且为了排除宇喜多秀家这个“不确定因素”对自己的威胁，他心中一横，索性彻底废除了这个延续了近三年的制度。取而代之地，是秀保和家臣精心炮制的“七司九曹十二所制”。
回溯镰仓幕府和室町幕府乃至丰臣政权的发展历程，对最高掌权者取而代之的，往往是其初期最为依仗和信赖的力量：源赖朝的妻族北条氏以“执权”之职总揽幕府大权；为足利尊氏建立幕府立下赫赫大功的“三管四职”却以“应仁之乱”为室町幕府敲响了丧钟；丰臣秀吉在世时低眉顺眼、恭恭敬敬的大老奉行们，转眼间就成了吃