十二月十八日，也就是清正攻陷黄石山后的第三天，西路军五万人终于在南原城下会师了。『书盟}
此时的南原城早已今非昔比，杨元率三千辽东铁骑到达后，立即深挖壕沟，高筑城墙，等秀元率兵抵达南门时，这里早已变成一座城墙高耸，羊马墙和壕沟环绕的坚城。
可就算城池再在怎么坚固，如果兵力不足，也定不能抵挡住五万日军的轮番进攻。因此早在秀元抵达前，杨元便传令全罗道各郡县，要求各处尽一切可能支援南原城。可让人寒心的是，除了全罗道兵使李福男、光阳县监李春元以及助防将金敬老外相继率领共约一千人进城外，杨元就再也没有得到一兵一卒的支援。
基于兵力悬殊这样一个前提，秀元决定采用包围战术，兵分四路分别进攻南原四门。为了防止全州明军支援，秀元将一万五千军势划于清正麾下，让他负责攻打北门；东门和西门则分别由黑天长政和锅岛直茂率领七千军势进攻；南门是本次进攻的重点，自是由秀元亲率两万人攻打。
接到命令后，清正等人立即开始调兵遣将，率领五万大军在南原城外来回穿插驻防，震天的呐喊声和擂鼓声，即便用地动山摇来形容也不为过。相较于城外日军的嘈杂和喧嚣，南原城内却是死一般的寂静，在得知日军的战略部署后，杨元别无他法，只是说了一个字：“守”。
这个字说起来简单，做起来可是难如登天了。且不说兵力上的悬殊，就从武器装备上来看也是处于下风的。
杨元之所以担当先头部队，全是因为他率领的乃是机动性强的骑兵，这也就意味着这支队伍并没有携带重型火炮或者中型鸟铳。因此他们所依赖的守城火器就只剩下南原城内残存的十余挺“胜”字小炮了，这种炮论炮弹重量，只相当于八磅炮，虽说射程远，但威力不大，特别是当遇到分散进攻的部队时，更是发挥不了太大的作用。
因此，杨元决定再派部将潜出城去，向晚他一步继而驻扎在全州的陈愚忠求援。
早在十二月初，明军两万七千人便已浩浩荡荡度过鸭绿江。为了防止日军突袭汉城，作为总大将的麻贵亲率一万七千人留守京畿道，其余各部，陈愚忠率三千人驻守全州，吴惟忠率浙勇四千人驻守忠州，茅国器率三千人驻守星州秋风岭。
这样一来，在秀元临时改变作战方案时，唯一能救援南原的军势就只有全州的陈愚忠了。让人没想到的是，当他听闻五万日军围城时，不仅不立即派兵营救，反而心生胆怯，扣留信使，隔岸观火。这一幕和三十多年后的大凌河之战何其相似只不过祖大寿还有吴襄相救，而杨元却是孤军作战了。
陈愚忠扣留信使这招太损了，没有得到回信，杨元以为信使被日军擒获，因此陆陆续续竟派出十余批！其中除了两人被清正抓获外，其余皆被陈愚忠扣押。
在从信使口中得知情况后，清正终于确信全州明军是不打算出兵了，要不然信使都派出那么多批了，怎会连一兵一卒都未见到想到这里，清正减少了全州方面的防御力量，计划将更多的兵力投入到对南原的进攻当中。
虽说没有出兵
，但陈愚忠还是派人向麻贵报告了南原的情况，其中不乏添油加醋，意图很明显，就是希望麻贵更够派遣大军前来增援，而不是让自己这三千兄弟前去送死。
可是他忽略了最重要的一件事，那就是时间。从全州到汉城至少要两天，再从汉城发兵到南原还要四天，这样算下来至少要六天时间，杨元能挺得住么历史给了我们一个答案。