正牌参将，早前那些诸如“大掌盘”、“大都督”、“闯将”等等自封或他封的名号自不可再提上台面。由此一来，原先营中“总兵”这样的职位称呼无法再用，否则他赵当世尚为参将，侯大贵等人却是一个个“总兵”，在外人听来作何解释就赵营自己内部军令传达人事调整也会相应存在诸多问题。
另外，虽然不能指望朝廷补贴军资粮草，但这种可能性却未必没有。而当初熊文灿的使者来赵营中就曾说过一句话，认为新附军军队结构紊乱，难以同明军现有体制相对应，是上峰量体预估拨付预算的一个极大阻碍。所以赵当世与昌则玉等人细细研究讨论后，决定还是尽可能贴近目前明军中惯用的军制结构来重新规范赵营。
先说军制。
最高统帅即赵当世，正职全称为协守襄阳南阳鹿头店参将。作为幕僚策士，昌则玉与穆公淳分别为左右军师。
全军野战系统分四营，即无俦营、效节营、起浑营与飞捷营，为避人口舌，之前的“军”一级编制暂弃之不用。每营设统制坐营官一人，为主事；中军官一人，传令监阵；参事督军一人，辅佐及监军。往下一级则为哨，设哨官统兵。
如此设置，野战系统较之从前，结构上无疑更为正规与稳定。但这并非此次军制改变的重点，屯田军才是新的制度。
屯田军也直接隶属于赵当世，与野战军平级，互无统辖。设统制屯田营田诸事一人，统筹上下；参谋屯田营田诸事一人，为副贰佐理。往下分前后二营，分设屯田使一人为主，屯田主簿一人为副。
二军之外，还有六个机构各司其职，称六司。
其一为榷商等内务诸事使司，负责全军内务以及商、矿等等；其二为亲养指挥使司，为赵当世护卫亲随；其三为特勤指挥使司，主责搜罗消息并执行一些特殊任务；其四为稽察处置使司，监察全军上下军将纪律与责罚相关；其五为教练使司，掌练兵；最后为市舶东南使司，责权在于东南面的商贸。
一主二军六司，是为当前赵营制度的主体。
具体再看人事，首要为野战系统。
赵当世虽说只是个参将，但因体量大，无俦营便相当于标营，而效节营偏火器、起浑营偏弓刀、飞捷营则为马军营，各有侧重。
按惯例，统率标营的俱为侯大贵，他即无俦营统制坐营官。中军官则安排给了一向一丝不苟的白旺。参事督军沿用旧配覃奇功。全营二千人，下分前、左、右、后四哨，哨官分别为李延朗、吴鸣凤、熊万剑与惠登相。侯大贵对此喜忧参半，喜的是自已一力扶持的惠登相终于转副为正有了兵权，忧的是让白旺这个在他看来属于徐珲派的顽固主掌中军权力难免碍事。但好歹这两件事好坏相抵，也就先把心中的嘀咕隐了起来。
效节营，统制坐营官徐珲，中军官杨科新，参事督军偃立成。实话说，徐珲不太看得上杨科新，杨科新也感到惶恐，所以还向赵当世推辞了两次，认为自己才不配位。赵当世再三两边宽慰，徐、杨二人才闭上了嘴。杨科新棒贼出身，打仗的本事赵当世不信任，而徐珲一向以强势集权著称。当初给他配个偃立成，就是看中了偃立成懂进退够圆滑，能与孤高自傲的徐珲相容。此番这个杨科新，也是由于这个原因才得以获职。他能力上难与徐珲匹敌，也有自知之明，定不会与徐珲相左。营中一千五百人，下有前、左、右三哨，分以覃进孝、茅庵东、范己威为哨官。范己威属于受到提拔的一类，他在川中屡次因勇猛作战而负伤，付出多少大伙儿都看在眼里，能上位也无可指摘。
起浑营由郭如克为统制坐营官。中军官彭光，是从覃进孝手下升上来的，此人素以冷酷无情著称，甚至有“小进孝”的外