时年21岁。他确定下一年为建文元年，并尊封他的母亲二皇妃吕氏为皇太后。关于朱允炆的个性和他在位时的国内发展情况现已无可信材料，因为朱允炆时期的档案文献和起居注全遭毁灭，而私家记述又概遭禁止。
年轻的建文皇帝书生气十足而又温文尔雅，他继承了他父亲的温和和好思考的脾性。他腼腆，且又毫无国政经验；且不说和他的前皇祖考相比，甚至比起他的雄才大略的叔父们，他也没有那种自信心和坚强的性格，甚至也没有那种能力。这位年轻皇帝的温顺性格和儒家教育，因此他衷心向往的是实行理想的仁政。他在政府的言论和行事上努力实行一些较大的变革，但这些变革却招致了灾难性的后果。
朱允炆把三位儒家师傅引为心腹，他们是黄子澄、齐泰和方孝孺。这几位老者对朱允炆关于君之为君的概念起了强有力的作用。黄子澄是一个很受人尊敬的儒家学者，他在1385年举进士第一名。他在明太祖时代担任过很多官职，现在被朱允炆任命为翰林学士，并参与国家政事。齐泰也是1385年的进士，是一位对经书学有大成的学者，特别精于礼和兵法。他在洪武帝弥留之际受顾命，以护卫皇太孙和嗣君，被新皇帝任命为兵部尚书，参与国政。方孝孺早在四十来岁的初年就已经是声名卓著的学者，以文章家和政治思想家闻名，未中过举，在他很晚的岁月才开始进入仕宦生涯。朱允炆即位以后被召为翰林侍讲。
这三位儒家学者以各种不同方式影响皇帝。黄子澄和齐泰变成了皇帝的心腹，用儒家的修齐治平理论教育他。他们负责研究一些新政策并付诸实施，目的在改组帝国的行政和加强皇帝的权威。方孝孺是，一部关于乌托邦式政府的经典著作——专家，他发觉他所见到的是个人统治的缺点，因此他建议皇帝应该根据古代经典所提出的理想和形式来实行仁政。所有这三个人都勇敢、正直和满怀着理想。但是，他们都是书呆子，缺乏实践意识和从事公共事务的经验，也没有领导才能；他们对于问题的分析往往限于纸上谈兵，不切实际。
燕王反叛
令人难以对付的燕王朱棣生于1360年5月2日，他的生母也许是洪武帝的一位贡妃，据说她或者是蒙古人，或者是朝鲜人。他不是像他自己后来所说的那样为马皇后所生；他的这种说法是想在他从他侄子手中夺取了帝位以后按照嫡长子继承原则使他的即位合法化。他长得坚强有力，同时也精通武艺，而且据说在学习儒家经典和方面也是出色当行的。他的功底在正史中有所表述，因为这种成就符合一个儒家君主的公开的形象。1370年5月，洪武帝把他封为燕王，定他的封地在北平，让他坐镇北方边境，以保证国内的安全和抵御蒙古人的入侵。
那时的燕王只有10岁，直到他成年以后才于1380年4月去北京就国。到了这时，他在宫廷已经接受了优秀学者和佛教和尚们的最好的通才教育。他在明王朝头等将领们的辅导之下也已经开始表现出军事领导才能；特别是徐达对他的教导更有效，因为1376年他在皇帝的意旨下娶了徐达的长女。在往后的数十年中燕王守卫他的藩封时，他经常指挥对蒙古人的战斗，在老将们的辅弼之下很会打仗。他的功绩赢得了他父亲的好评，但也引起了后者的烦恼，因为他越来越变得心志不凡、目中无人和闹独立性。当1392年洪武帝册封他长兄的儿子朱允炆而不是指派他为皇嗣的时候，燕王显然是异常失望的。
1398年末，即朱允炆即位之初的几个月中，皇帝开始考虑怎样增强自己的权力而同时削弱诸封建王国的权力，并且利用或有或无的罪名对那些较小较弱的藩王采取激烈的行动。周王朱橚是第一个倒台的，接着另外四个王子也垮了下来:代王朱桂；湘王朱柏；齐王朱榑；以及岷王朱楩。一年之内在五个举足轻重的藩封被废之后，燕王便成了下一个目标。朝廷承认他是最棘手的敌人，因此在行动上很小心谨慎；可是，这样一来反而给了燕王集结部队和作准备的时间。
现在不能肯定，燕王何时才开始下定决心对抗朝廷。据有些材料说，他在道衍和尚的影响下很早就有和朝廷对着干的意思；按，道衍是明太祖派到他的王府里来任事的，并博得了他的信任。道衍据说在朱允炆被封为储君以后曾向燕王进言，说他注定会有九五之分；他并且