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对此，十四阿哥进行了反复的斟酌，终于决定暂时放弃追剿策略，他不想因为贪图一时的军功，贸然行动。因此，十月份的时候，他密奏皇上，建议暂停进剿。皇上同意了十四阿哥的意见，并于十一月命他回京述职，面谈彻底解决准葛尔问题。
此后驻守西北的两年间，十四阿哥保持和巩固了前两年的胜利成果。今年五月份，他移师甘州，希望直接捣毁向策旺阿拉布坦的巢穴――伊犁。策旺阿拉布坦一日不除，终将是朝廷的心腹大患。可是，由于路途遥远，运输困难，此次进剿没有取得丝毫实质性的进展，同时消耗了大量的人力、物力、财力。
平叛的圆满解决，极大地振奋了军心，鼓舞了士气，康熙皇帝更是龙颜大悦，立即下令立碑纪念，由宗室、辅国公阿兰布起草了御制碑文。
待做好充分的准备工作后，十四阿哥派平逆将军延信由青海、定西将军葛尔弼分兵川滇两路进军西藏。八月份，待葛尔弼率部进驻拉萨后，他命延信送朝廷新册封的达赖喇嘛进藏，在拉萨举行了庄严的坐床仪式。至此，策旺阿拉布坦所策动的西藏叛乱彻底得以平定。
对于达赖喇嘛，十四阿哥可谓是慎之又慎。对其本人，他充分发挥了笼络之能事，信誓旦旦地表示，只要达赖喇嘛一心一意归顺大清，朝廷一定确保其在西藏的人身安全和宗教统治地位。而对于其它各部落，他更是重金许诺，只要他们和策旺阿拉布坦决裂，真心实意归顺朝廷、拥戴达赖喇嘛，共同出兵护送达赖喇嘛进藏。
康熙五十八