洪武帝颁布的《御制孝慈录》改变了“国无二尊、家无二斩”的老规矩, 提倡“父母同尊”, 皇室则实行帝后合葬，皇帝和元后同庙, 一同享受祭祀的制度。
故马皇后去世，朝中大臣服斩衰二十七日除服, 百日内穿素服，官员百日内禁止音乐祭祀, 停嫁娶，民间一个月内, 葬礼规格高于以往历朝历代的皇后。
八月。
凡在京的文武百官穿素服入朝, 行奉慰礼。
武官五品以上, 武官三品以上的诰命夫人穿着麻布衫、麻布裙、麻布盖头、麻布鞋, 不准施脂粉和金银首饰，依次去坤宁宫行礼。
洪武帝拟定了马皇后的谥号——孝慈, 故马皇后以后皆被称为孝慈皇后。
洪武帝召已经就藩的藩王们回京城参加孝慈皇后葬礼。连在圈禁在凤阳乡下种地的废秦王爷召回京城。
九月。
孝慈皇后神位已成, 梓宫即将发葬，告太庙，祭钟山之神，祈祷神灵保佑皇后地下安宁。
一切准备妥当, 各地藩王们也都赶到京城哭灵送殡。太子朱标带着亲王公主们送孝慈皇后梓宫入钟山孝陵, 在钟山脚下时，原本晴好的天气突然风雨大作, 道路难行, 眼看着要误了入葬地宫的吉时。
悲伤的洪武帝暴怒, 正要斩杀算日子的钦天监，幸亏送葬队伍里的高僧宗泐灵机一动，说了四句偈语：“雨落天垂泪，雷鸣地举哀。西方诸佛子，齐送马如来。”
意思是孝慈皇后之死，引得天地同悲，感动诸佛来送皇后。
洪武帝听了，方放过倒霉的钦天监。这时宗泐带领手下高僧道衍禅师等一起念经祈福，也是神了，一通经书过后，雨止云开，送葬队伍继续前行。
洪武帝坚信这是神迹出现，对念经的几位高僧另眼相看，悲伤不已的洪武帝顺手将几位高僧一一指给几位藩王，“高僧跟着你们回到藩地，你们要为高僧建寺庙，时常去为孝慈皇后祈福，不得有误。”
藩王们和高僧应下，道衍禅师指给了四皇子燕王朱棣。
九月底，藩王们陆续带着洪武帝指给的高僧回到藩地，建立寺庙寄托对孝慈皇后的哀思。
由于秦王在葬礼上几次哭晕过去，表示痛改前非，加上大明忙着南征，沐英等名将齐聚云贵之地，防守空虚，北元又开始屡屡扰关。鉴于此，洪武帝命魏国公徐达去了东北守边，并且决定再给儿子一次机会，恢复了他的亲王爵位，命令他回藩地，守护西北边关。
第二个消息对于正在孝陵里喂鹿的胡善围而言，着实是个坏消息。
鹿是吉祥之物，洪武帝大手一挥，在孝陵一次性放养了两千头……
洪武帝觉得鹿是吉祥物，根本没有考虑如何养活，陵区的那些树木花草，根本不够养活两千头鹿，何况十月都霜降了，万物凋零，能吃的东西更少，两千头鹿的配给和军马一样，吃着草料豆饼等物。
除了喂两千头鹿，胡善围还要养明德夫人进贡的那对绿孔雀，每天忙于伺候飞禽走兽，几乎没有时间悲伤。
自打八月初十孝慈皇后去世，胡善围就被毛骧依照孝慈皇后的遗言送到孝陵来了，她要守孝陵三年，不得出陵区半步，形同软禁，也是一种保护，毕竟依照洪武帝的脾气，谁敢在孝陵搞事情，基本和求死差不多了。
孝慈皇后用这种果断的方式切断了胡善围和宫廷的关系，就像初入宫廷时在藏里，几乎与世隔绝。藏至少在宫廷，孝陵在郊区钟山。以前宫廷相好的女官也很难来这里。
给她带来秦王恢复爵位消息的正是同样关注秦王一举一动的马三保。当年秦王被前行掳夺残害的童男童女只有马三保还活着，秦王妃王氏带发修行，被封为清净仙师，阉童马三保一直在庵堂伺候王氏，和胡善围偶有来往。
三年过去了，阉童长成身量未足的少年，马三保气恼的将一个豆饼投给梅花鹿，“这样禽兽般的人，流了几滴鳄鱼眼泪，居然也有再来一次的机会！那些惨死的人呢被割了舌头的刘司言呢谁给她们机会”
胡善围也有一种深深的无力感，“我能怎么办我也很绝望，我要困在这里三年。三年之后，秦王估计成了浪子回头的贤王，这种阴险小人肯定会来报复我们的。”