但是仍然由于后勤、补给工作的不良，遂增加了士兵不少杂务，侵占了训练的时间。
据赵昺观察和从统计报告中获知，一般部队因领取粮草、搬运、采樵和加工原粮等，每个月要占用十天左右的时间，一个指挥的兵丁往往会拨出三分之一的人力经常性的在从事杂役工作。这导致许多入营的新兵难以得到充分的训练，甚至连号令都分不清楚，这还只是在平日没有战事的情况下。
战时虽有组织起的民夫协助输送粮草，搬运军资，不过这是在本土作战的运输距离短，又有地方政府协助的情况下，勉强能保证供应。而一旦出岛作战便困难重重，此次征北军就遇到了，文天祥多次在奏报中称后勤不能适应军事要求，一般百姓多会远避。而旧政权已经溃散，新政权又难以建立，无法有效征调民夫随军行动，导致军队运输粮秣、物资等方面发生诸多困难。使得缴获的物资只能就地销毁，或是任由百姓搬走，难以转运回琼。
所以赵昺在此次军改中专门成立主管后勤的辎重军司，以其建立起平时和战事完善的后勤保障系统，使军队在任何条件下都能获得基本的生活、训练和作战物资的补给。他甚至想着采用商业化运作，将一些工作转包给一些有实力和能力的商家。
除了这些还有一个不能忽视，也无法忽视的问题。宋军的一般士兵多为农家子弟，他们温顺、有纪律、能吃苦耐劳、服从指挥，可塑性很强，只要经过严格的训练和适当的激励机制很快就能成为一个合格的士