枢密使这一官衔在唐太宗时就设置了，但唐代的枢密使只负责管理军事情报，机密情报之类，由宦官兼任，直至五代时还保留这个官衔。宋太祖为了消除军阀割据的隐患，同时，枢密使的设立又可以削弱宰相的权力，也是强化皇权的重要措施。
所以，元丰改制后，枢密院照样保存下来，但是北宋的枢密使与中书的关系都极不正常。时人曾言:枢密使每朝奏事，与中书先后上，所言两不相知，以故多成疑2。枢密院官虽曰掌兵，亦未尝不兼任宰相之事。宋神宗的御史滕达道也说，战守安危之所政，中书主打，枢密使主守，这样怎么能取胜呢明确指出这种互相牵制所造成的殆误军国大政的弊端。
到了南宋高宗接受了这一教训，为了对付经常性的对外战争，不得不实行兵政合一，设立“平章军国重事”这一官衔。在此后的一段时间内，这种兵政合一的措施确实起到了稳定战局的作用，但是随着御前护军的壮大，军将权力过大的弊端又重新显现，甚至生兵变将高宗赶下台，因而又设法收取领兵军将的权力，并以宰相兼任枢密使。
不过南迁之后战事不断，历代皇帝只能设置督抚镇守前线要地，因此也不得不通过放权、收权，甚至频繁换将来控制军队。但依然未能阻止军事集团的形成和扩张，以致形成尾大不掉之势，他们在各自利益受损后，便不顾国家利益叛降，从而导致整个防线的崩溃，并助纣为虐成为灭宋的主力。
赵昺知道要想彻底解决问题只能通过制度，而不是人治。可也清楚自己只是历史的搬运工，让他做一个好工匠完全没有问题，但是处理这种军国大事还真不在行，且自己前世根本没有这方面的经验，要主持并进行这么大的机构调整还真没有底儿。
不过赵昺也明白若是不能解决这个问题，自己的地位终归不稳。而当前行朝尚处于混乱和初建时期，各派势力相对于较弱，并且要依附自己才能生存，因此也是调整机构的最佳时期，一旦错失这个窗口期将更加困难。所以他决定即便此次革新存在不合理的地方，也要坚决的搞下去，将基本原则定下来再逐渐完善。再说了在中国人民的智慧面前，制度什么时候都是有空儿可钻的……
在赵昺改革后的枢密院的主要职责类似于现代的参谋部，其主要职责用一个词表达就是——打仗。制定国家的最高军事战略；决定战时人力和物力资源的分配使用；向皇帝和中书省提供军事决策方案。作为“最重要的军事顾问“，枢密院有包括制定军事战略、指导国防预算、作战及联合演习计划等，分享兵部的部分职权，并可以直接向皇帝陈述自己的主张。
从职权方面来讲枢密院失去了军政方面的权力，但是从行事权力方面来说，其主官由武人担任，避免了士人的擎肘。且枢密使可以向皇帝直接表述自己的意见，而不必向从前那样局限于文人们的臆想之下，制定些掺了水的作战计划，受制于宰相的权威之下。
提高武人的地位赵昺不仅是从嘴上说说而已，在组织结构上将枢密使的品级定为从一品，要知道大宋朝最高军事主官太尉才是二品官，这样一来枢密使的地位虽然低于左、右相，但是也高于参知政事和一应尚书。为了体现这种地位，枢密院副职都是二品，下属的一级部门主官都是部级待遇从二品，与兵部尚书同级。别的不说起码薪俸高了一截，殿上排班时都要靠前站。
赵昺计划在枢密院设置司令部、军事情报部、军需部及佥事判官厅、职方司、参议司和督抚司。
司令部与兵部军种部相对应，下设步、骑、水、炮四个指挥部，分别负责制定各个军种的作战计划，战斗指挥、整补、核定等事宜；军事情报部便是原来的主管机宜文字和兵部的谍报司，职能未变，换了个现代感的名字；军需部则是负责制定甲仗器械的使用配置计划，新式武器的研和推广、研究战法和战术应用。另外还在战时指挥辎重军的工程部队，指导筑城和修建工事。
佥事判官厅是常设机构，负责枢密院的日常工作，相当于现代的综合办公室；职方司是从兵部端过来的，仍然负责地图的绘制和地形勘测；参议司就是个储才之地，相当于现代的军事委员会，他们的作用主要是平日协助枢密使制定战略、战策，对作战计划提供意见，战时可从中挑选领兵的将帅；督抚司此时只是空设