过这么做同样会引起朝廷内部的争执，文天祥在行朝初立之时曾前往剑南开府独当一面，当他打出一片天地的时候，其实就已经埋下日后数次被拒回朝的祸根。其在剑南积蓄了力量，搞得声势浩大，树立了威望，朝中的人就开始猜忌文天祥另有图谋，担心其归朝后篡权把持朝政，最后终于把他推上了绝路。所以赵昺觉着以这种方式重建军制反对的声音会很大，且后期收拾起来也十分麻烦，说不得也会重现斩杀功臣的一幕。
基于现实和作战的需要，赵昺觉得干脆将团团伙伙全部打散，什么殿前禁军、侍卫亲军整个指挥系统全部撤销，将全军编成相当于现在的军或师为基础的独立单位。平时各自管理，各兵种进行训练，同时加强协同训练，并由枢密院组织各军联合演练。战时则根据任务的需要抽调各军、师编成集团军或是兵团，由朝廷选派将领指挥作战，与现代的模块化编组相似。如果成功，则以后组建战区也就顺理成章。
一个部队总要有它的行政管理系统，可是这个系统如果又要管行政，又要管作战，恐怕是忙不过来的。过去帅府即是行政管理的中枢，也是府军的最高指挥机构，从而形成了以军队为主体，其它机构辅助的结构，此后也不免将这种军队办社会的作风带进了各军之中。其实朝廷所属各军也好不到哪里去，都需要自己招兵买马，募集粮饷，承担起朝廷应该做的事情。
如此便形成了军队‘大而全’的局面，一个军事主官要承担着从吃、住、行到训练、