和平状态下进行军事演练、后勤管理等项目，一旦进入战时，马上进入作战状态管理，可令出多门就会容易互相干扰，造成效率低下。
再有就是赵昺一直担心的部队兵员区域性现象严重，在成立初期同乡编组于同一部队有利于团结，攻守相携，不会出现什么问题。但是他担心随着壮大容易产生任人唯亲的现象，导致形成新的军事集团，造成政令难通、不服管理，甚至集体贪污腐化，相互包庇的问题。而若一旦产生问题，就会像吕文焕降元一样，导致整个战线的崩溃。
还有一个问题虽然看似遥远，但是赵昺觉的人无远虑必有近忧。当前行朝实际控制的地盘只有琼州这么一个海岛，难分前方和后方，自己可以亲力亲为的统一调度，可一旦起复国之战，就必然要分成数个军事集团各自进兵，他就难以亲自指挥，就需要设立机构指挥所在地区的兵力，进行全面、有效、协同作战。当下旧的已经失灵，新的尚未建立，皆是将会产生混乱。
赵昺清楚这些问题的存在主要还是当前军事领导指挥体制的不适合，而军队主要的作用就是打仗，可一个部队总要有它的行政管理系统，可是这个系统如果又要管行政，又要管作战，恐怕是忙不过来的。因而又可分为军政和军令两部分，简单的说就是‘军政主训，军令主战’。而这又可分为军令、军政分开的模式，混合模式和军政、军令合一的模式。
在近现代军事强国多采用军令、军政分开的模式。即指挥打仗与平时养兵分开。管指挥打仗的，不管军兵种建设等事项；管养兵的，不参与战时作战指挥。如美军高层领导管理体制即军政系统，主要职能是“养兵”，由元和国防部长通过军种部统管军队建设，包括制定国防政策、国防预算、兵力规划，负责部队的行政管理、战备训练、武器装备采购等。
在大宋进行军改，赵昺当然不是贸然行事，严格的说也算不上改革，而是改良更为合适。人们都知道宋朝的