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此刻，穿越了常磐森林旅行到尼比市的小智和小霞，选择在常磐市的精灵中心休息。看到常磐市精灵中心的联盟比赛海报，小智决定参加比赛。
尼比市的岩石道馆就成为了小智第一个要挑战的道馆。当然，以小智现在的实力想要打败尼比市的道馆主是件很困难的事，在尼比市道馆馆主小刚的父亲，武能先生的帮助下小智打败了小刚，于是小刚决定和小智一起出去旅行。
不过跟随小智一起旅行的小刚可不是以训练家为目标，而是以饲育家为方向。在旅行中见识各种小精灵，了解它们的习性。
在尼比市休整了几天的小智再次踏上旅途，这次就是三个人一同旅行了。在小智没有修复完毕小霞的脚踏车之前，小霞会一直跟着小智，而尼比市道馆主的身份，小刚也让给了自己父亲，武能先生。
与此同时，收到张玉资料和援助的武藏，小次郎和喵喵在尼比市边上的月见山寻找皮皮和巨大的月亮石。
她们在月见山的洞窟中拉起了电灯，将原本生活在洞窟深处的大嘴蝠赶了出去。
可是经过几天的寻找却依然没有发现张玉所说的巨大月亮石和皮皮。
没有耐心的武藏冲着喵喵和小次郎说着自己的怀疑。
“你们两说这里有鬼玉队长说的那个什么巨大月亮石和聚集起来的皮皮吗要知道我们可是在这破月见山里面挖了几天了，月亮石连根毛都没见到。
不过还好有些别的矿石可以卖钱，也不算太亏。要是没有月亮石，我们还不如继续去找珍贵的小精灵献给老大，这样就会获得老大的赏识。
想想看吧，升职加薪都不再是梦想，当上了重要人物，就会有花不完的钱，每天只要负责美美的就好了。啊！那是多么惬意的日子啊！”
听着武藏的长篇大论，在一旁卖力挖掘的喵喵和小次郎双目相对，眼神交流了一番，选择无视武藏的美梦。
没等到自己想要的反馈，武藏追着小次郎想要得到自己想要的回答。
一旁的喵喵害怕殃及池鱼，连忙闪到一边去。
喵喵刚一闪到边上，就发现一只皮皮抱着一块小块月亮石的碎片在观察相互拉扯的武藏和小次郎，这两个人的争斗吸引了皮皮的注意力。
看到皮皮的喵喵赶紧通知武藏和小次郎。
“你俩赶紧别打了，皮皮出现了，手里还有月亮石呢，看来鬼玉队长没有骗我们，真的有这些东西，现在赶紧抓住皮皮，拷问巨大的月亮石在哪里。”
正在拉扯的武藏和小次郎听到喵喵的呼喊，赶紧停手回头，就看到皮皮正抱着月亮石碎片看自己的表演，于是两个人赶紧松开，转身要去抓捕皮皮。
没有工具的情况下，人类想要抓捕野生的小精灵可不容易，看到停止拉扯的武藏和小次郎朝自己走来，皮皮转身就跑，野生的小精灵可不是那么好接近的。
于是三个人和皮皮就开始了追逐竞赛。
矿洞里面狭窄矮小，人类这么大的体型实在不容易施展开来，因此灵活的皮皮，在周围突出的岩石上面一跳一跳的就逃走了，只有喵喵能勉强跟得上节奏，武藏和小次郎两个人只能跟在后面吃屁。
从尼比市启程的小智一行此时也到达了月见山洞窟的入口处，远远的就看到有一群大嘴蝠在洞口处攻击着一个身穿白色褂子的人。
走上前，帮忙驱散开攻击的大嘴蝠，将双手抱头，缩在地上的人拉起来，一番交流之后得知，这个人是尼比市科学博物馆的研究员，叫做李科，来月见山是为了守护沉眠在月见山之中的月亮石。
自从月亮石可以加强小精灵的力量的报告问世之后，来自各地的人们就来月见山寻找月亮石，却都