本来凭着两系的实力，加上诸葛一族自蜀汉以来暗中培养的势力，也不算弱了，只是跟一国相比却弱了许多，那司马一族本来就因为魏蜀之争也诸葛一族留下了怨隙，当掌控了天下后，那选择出世一系的诸葛家族立刻被清剿，损失惨重，多年积蓄下的力量，根本就没有怎么派上用场，便被破了去。
后来不得己之下，那些幸存的诸葛一族之人，找到了避世的另一系，当时的那一系诸葛家族之人已经在幽州某处名山之中落脚，虽说当初有了分歧，但毕竟都是同气连枝，所以冒着风险，将尚存之人接了过去。
却不料在途中，被追兵发现了形迹，一路追杀，导致避世那一系人也只能放弃经营了数年的居所，直到当时的诸葛家主，以大魄力挺身而出，拼着耗光了十数年积攒下来的资源和人力，将那些追兵杀光，这才告一段落。
而这时侯的西晋举国沉浸在奢侈腐败的气象之中，晋武帝出身世族，其家族经过长期发展，早就形成庞大的权贵集团，因此在建国之后，西晋皇室逐步腐朽，世家大族则贪暴恣肆，奢侈成风，失了人心。
由于皇帝司马炎也骄奢淫逸极致，未能解决政风腐败、党派乱起、宗室权力扩张与外族内迁问题，使得他在太熙元年去世后，晋惠帝继位时，选用了外戚杨骏辅政，使得矛盾愈演愈烈，种下日后八王之乱与永嘉之祸的祸因。
诸葛一族被司马氏险些灭族，哪里还会跟其仁慈，加上族中也有几位智谋不俗之人，暗中运作之下，促使赵王司马伦信心膨胀自立为帝，使得八王之乱彻底爆发，只是经此一乱，西晋统治集团的力量消耗殆尽，隐伏着矛盾便迅速爆发。
只是诸葛一族也没有想到，后面的剧变会彻底不受控制，加上当时的诸葛家主对星象一学并没有精研，在晋朝内乱之时，势力空虚之时，由东汉时期便迁入到边郡的匈奴、羯、氐、羌以及鲜卑五族也不安份起来，有了统治中原的野心。
建兴元年，晋怀帝在平阳遇害，在长安的晋愍帝下令司马睿、刘琨等的共七十万大军分三路合击平阳，结果身为此战主力的司马睿在士族的鼓动下竟抗命不遵，建兴四年长安失守，西晋灭亡，而匈奴控制了几乎整个中原，也就是史上被称为“五胡十六国”的大动乱时期。
当时的诸葛家主也没想到事态会失控到这般严重的地步，只是当时牵一发动全身，事态的发展已经不受控制，只能亡羊补牢般的尽皆出世，寻找可以救下中原的帝星所在，只是不知是不是战乱纷呈的缘故，王朝更替眼花缭乱，根本就没有寻到所谓的天命之人。
相反，在这期间，诸葛一族原本不弱的势力再度缩减，最终只能苟延残喘，甚至那诸葛家主都在一次战败中被杀，这种动乱，一直到了隋文帝杨坚之时才算结束，而此时的诸葛家族，势力也已经减弱到了极点，甚至有一段时间改了名姓。
好在天下经过了动荡，再次归于一统，期间几次动乱，王朝更替，也有诸葛家族影子