在狂热的宗教信仰之下，汉族一直以来引以为荣的同化能力根本没有施展的余地，不但没有同化回回，反而被回回同化了。这件事已经引起了朝廷有识之士的注意，徐光启就曾经和朱由校就这事进行过交流。
在徐光启看来，宗教是有它积极的作用的，无论是在构建国民的伦理道德方面，还是在劝人向善方面，都有其不可替代的作用。大明的宗教政策算是很宽松的，虽然道教被定为国教，但朝廷并没有对人们的宗教信仰有任何限制，你想信佛教，或者是天主教，那都没有问题，象徐光启便是天主教徒，并没有任何人觉得首辅信了天主教就会如何如何。
但不管是朱由校还是徐光启，都觉得宗教自由是非常重要的。宗教自由是指你有信某种教的自由，而更重要的是你也有不信教的自由。象和尚道士都可以还俗，这种行为虽然可能会受到一些人的非议，但至少不管是道观佛寺还是官府，都不会阻止你还俗，而且有些还俗的行为还会受到很多人的赞赏。
回回却不同，他们是不能改信别教或者变成不信教的，他们把原本信教的变得不信教称之为叛教便可见其态度。这一点让朱由校很不满意，有些事情你觉得很好，比如你喜欢吃牛肉，你向世人宣扬，希望大家都喜欢吃牛肉，那没有问题。但是因为你觉得牛肉好吃，别人不吃牛肉偏要吃猪肉，你就觉得这不行，应该大家都来吃牛肉，甚至强迫大家一起来吃牛肉，这就有些说不过去了。
所以朝廷便制定了《宗教设施管理办法》，这是第一步，将所有的宗教设施置于大明官府的管理之下，后面还有《宗教管理办法》，规定所有人都有信教和不信教的自由，官府和其他人都不得干涉其信仰宗教或者不信仰宗教。
这对于道教和佛教，其实并没有强调的必要，因为一直以来都是这样。但对于天主教和回回们来说，便有些问题了。所以上次朱由校和金尼阁商量在大明传教问题时，便特意强调，不希望听到天主教徒称呼其他不信教的人为异教徒，在大明宗教绝对不能凌驾于皇权之上，对于大明人来说，信教与弃教都应该有充分的自由。他可不希望在大明出现十字军东征之类的事情。
金尼阁当然爽快地答应了这个条件，总之就是上帝的归上帝，皇帝的归皇帝，两者负责的领域不同。但是对于回回们来说，这就有些难度了，朱由校想到后世那些的国家，心里下了决心，无论如何，不能让大明变成那样。
所以朝廷修改了大明律，将色目人不得自相嫁娶的这一条去掉，反正在边地这一律令也基本上没人遵守了。这样至少可以减少汉人被色目化的情况，不至于让回回越来越多。
黄汝良来后，张荩臣便将民事交付出去，自己专心练兵和侦查。甘州周围有着瓦刺人，蒙古人，回回与藏人，而地域之争中掺杂着复杂的宗教之争，必须要小心谨慎才行。
现在大明对于甘