叶向高自然明白皇帝的意思，心里大为沮丧。如果皇帝真的禁毁东林书院，东林人确实会大受打击，但这会激起民众的同情，反而使得民众会更加支持东林，东林人的未来会好得多。但现在皇帝只是命令东林人不写具结状便不得报考京师大学堂，看着对东林党影响不大，实际上却是软刀子割肉，很快就会使得东林书院变得门可罗雀。科举三年一考，一次取人不过两三百，又如何比得上京师大学堂里面的学得一年到几年，就可以外出为吏甚至为官。
朱由校又说道：“《东林会约》表示，东林书院已经不是一个单纯的学院了，朋党之名，实至名归。朕一向以为，天下万民，各司其是，便是大同世界。东林书院又想要教书育人，又想要参与议政，朕不喜欢。东林还有两句话，朕也一直深以为恶。一句是若非同道，即为仇敌。一句是书院楹联，风声雨声读书声声声入耳，家事国事天下事事事关心。”
“前一句，表示东林党人根本就不愿意听取别人的意见，只认为自己是正确的。所有有不同意见的人，都被他们视为仇敌。这样的人，别人当然也会视他们为仇敌。”
“后一句，表示东林书院根本就没有搞清楚自己的定位。在朕看来，学生先要把书读好，然后再去关心国家大事。你刚刚学会了上中下，就开始关心朝廷政策，这不适合，也没有关心理解朝廷政策的能力。”
其实朱由校很欣赏这副对联，但是朱由校明白，这句话至少在现在是不适宜的。士子，是一个社会中最重要的民意代表，也是一个社会中最敏感，最具有先进性的一个群体，他们很容易在社会中发现一些不公平，不正义，不符合历史发展方向的东西，从而提出一些意见。这是非常难能可贵的，但是，现在不行。
在现在的大明，只能出现一种声音，那就是自己的声音，所有不符合自己利益的声音都只能暂时蛰伏起来，等到自己将这个大明改变成为一个自己理想中的大明后，那时就可以让大家畅所欲言了。
他记得当年的常凯申先生，本来已经定好了军政，训政，宪政的三步走策略，却在自己没有取得绝对优势的情况下宣布实现宪政，让敌人抓住了漏洞，用一些合理的手段蛊惑民众，最后落了个失败的下场。
自己绝不能重蹈常凯申的覆辙，只能按照常大公子的方法，要想明煮，必须先有独菜，而且必须是没有人能挑战的独菜。
他对东林党人的定义确实与大臣们不同。大臣们把出自东林书院或者与东林书院有牵扯的人视为东林党人，而在朱由校看来，东林党就是一个筐，所有对自己的政策不满的人都可以装在这个筐里，所以他才说与自己意见相左的人就是东林党。
而这个定义实际对很多传统意义上的东林党人是有利的。因为只要你不反对皇帝，那么你就可以不是东林党人，皇帝就不会把你打入另册。但如果你一意孤行，要和皇帝作对到底，那么不管你是哪里人，不管你是否支持东林人的看法，那么你都是东林党人。
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