毕懋康道：“陛下，臣是这样想的，不如在研究院里专门设一科，名曰杂科，这样不管什么样的人才都可以放在杂科里，然后根据他们的特长，找到相应的教师或者是让他们自行研究，这样会不会好一些”
朱由校拍手道：“这个办法好，只是听毕卿所言，应该不是一时性起，而是早就有考虑此事，为何不与朕商议呢难道朕就这么可怕，让你们有话不敢说。”
毕懋康摆手道：“陛下，臣只是有些初步的想法，还未能考虑清楚，自然不敢贸然进言。陛下于研究院里，一直都平易近人，臣怎么会因为怕而不敢说呢。”
朱由校道：“那就好，毕卿能有话就说，这一直是朕欣赏的一种品质。我们搞研究的，还是不要和他们那些人一样弯弯绕绕的好。那就加上文史和杂科两门，在报纸上发一个招考通知，就在一个多月以后开考。”
大明周报在研究院新增文史和杂科的消息后面写了一个编者按，指出在五月十八将在京师大学堂进行这两科的招生考试。并且注明，只要任何与文字有关的技艺，包括杂剧，诗词曲，小说，都将会包括在文史科中。而其他并不在已经有的六科和文史内的，都可以归为杂科。并且举例子说，一个人口技说得好，也可以入文史科，一个人跳绳跳得好，也可以入杂科。但前提是，你做什么的不重要，重要的是你在这一个方面必须是做得很出色的才行。
这时，孙承宗终于回到了京师。朱由校要云台接见了他。行礼过后，孙承宗便开始汇报自己这两年来的情况。
大部分都已经在以前的奏折中说过，但孙承宗最后说出的一件事，引起了朱由校的重视。
孙承宗道：“有两个葡萄牙人找到了臣，提出想和大明联合起来，攻打西班牙人和荷兰人。”
朱由校问道：“这西班牙人和葡萄牙人到底是个什么关系呀，他们原来不是挺好的吗为什么现在葡萄牙人竟然想联合我们攻打西班牙人”
孙承宗回道：“臣询问了一下，我大明所称的佛郎机人，其实包括了葡萄牙人和西班牙人，甚至连荷兰人也在内。但他们内部是有区别的。澳门的就是葡萄牙人，而吕宋岛上的是西班牙人，巴达维亚的是荷兰人。而葡萄牙人现在和西班牙人是一国。因为这个原因，臣有些担心葡萄牙人是不是有诈。”
徐光启道：“陛下，臣与传教士曾经讨论过这个问题。传教士所来之地，他们称之为欧罗巴，分成了很多个小国家，并没有象大明如此的大国。他们各国之间的王室有一些亲缘关系。葡萄牙人本来有自己的国王，但是四十多年前，他们的国王死后，是由西班牙国王继承葡萄牙王位的。这样葡萄牙就成了西班牙的一部分。”
朱由校问道：“那葡萄牙人联合我们攻击西班牙人是什么意思”
徐光启道：“臣听传教士说，其实葡萄牙人并不想让西班牙国王任葡萄牙国王的，当时西班牙人用武力攻占了葡萄牙的京城，而且教会也支持西班牙国王，所以葡萄牙人不得不让西班牙国王兼任葡萄牙国王。这样一来，有些葡萄牙人深恨西班牙人也是有可能的。”
朱由校问道：“那两个葡萄牙人现在在哪里”
孙承宗道：“臣以为他们不过大言而已，所以随便敷衍了两句，不过臣记