而这时叶向高终于到了京师，进了内阁，当然，和历史稍有不同的是，首辅还是方从哲，叶向高为次辅，再加上刘一燝和韩爌两位阁员，内阁一共是四个人。叶向高是王化贞的座师，当然支持他，而这时的兵部尚书张鹤鸣和熊廷弼关系很不好（当然，朝中和熊廷弼关系好的很少，包括楚党中人，因为熊廷弼嘴巴太臭，得罪人太多），因为熊廷弼曾经骂过他和叶向高不懂军事，是两个大草包。他很欣赏王化贞，在他的纵容之下，朝中已经有人放出风声，认为应该让熊廷弼下台，让王化贞去当经略，总领辽东事务。
朱由校觉得现在这样经抚不和，显然是不利于辽东事宜的，于是在熊廷弼出关来到右屯时，尝试提出由熊廷弼节制王化贞，一起守好广宁。
这下叶向高不干了，他支持王化贞不受熊的节制，并向皇帝上疏，称:“欲化贞受其节制，则举朝之人皆以为难行。”
不久王化贞上奏，认为如果朝廷给他专事辽东之权，他只需要六万兵，就可在明年三月荡平辽东，熊廷弼则认为他是说大话，两人开始用奏折吵架。
京营的捷报，使得京师成了欢乐的海洋。前不久毛文龙的捷报已经让京师人兴奋了一回，毛文龙不过斩首几百，而这次则是斩首一千四百多，真夷都有六百多哟。而群臣也是交相祝贺，都觉得有王化贞在，辽东形势一片大好，建奴即将被一举荡平。
所以当年轻的皇帝再次提出要用熊廷弼节制王化贞时，大臣们的反应是愤怒。明明是王化贞立了这么大的功，熊廷弼躲在后面玩他的以守代攻，现在竟然要王化贞受熊大嘴的节制，有没有搞错呀。首先在叶向高的示意下，左光斗出列反对，认为王化贞的一举荡平符合实际，现在毛文龙和京营的捷报就是例证，而熊廷弼的守而后战只是徒耗国帑，难见成效，且其置辽东汉民于何地。
然后群臣纷纷上奏，大都是支持王化贞而反对熊廷弼的，包括叶向高，刘一燝，韩爌等内阁中人和兵部尚书张鹤鸣都是支持王化贞的，他们都是东林党人。方从哲则是支持熊廷弼的，而且他认为须在经略和巡抚中选定一人，专任辽事，事权合一方能取得成效。
朱由校见形势不妙，只得将这个提议做罢，群臣见皇帝终于低头，不再坚持自己错误的意见，都大感欣慰，觉得这小皇帝虽然眼光不行，但至少在接受意见方面比他爷爷要强得多。
皇帝将方从哲等内阁中人及兵部尚书留了下来，一起来到西暧阁。大家坐下后，朱由校将近卫军众将的奏折发给大家传看，看完后，大家都陷入了沉默。
“各位爱卿看了后觉得如何，朕想听听真心话。”朱由校扫视了大家一眼，“本兵，这是你的职责，你先说吧。”
张鹤鸣嘴唇动了两下，却没有说出话来，他轻轻地咳嗽了一下，然后道:“杨同知所言，只是其一家之言，且杨同知年岁尚轻，识人之术未必就可为真。”这话就有点强词夺理了，皇帝先就说了是近卫军三将合写的奏折，周遇吉和曹文诏可已经是成年人了。朱由校没有理他，看