人曰:“五脏本皆属阴”，又言“五脏之本，本在命门”，就像“地球之本，本在太阳”一样。
命火是一身阳气的根本，而五脏本皆属阴又本于命门，所以命门与五脏应是对立统一的阴阳关系。人们设命门为天，五脏为地。
命门为“元气之所系”，又藏有元精。元气为元精所化生，二者是功能与物质的关系。任何一个事物都有其结构体与功能用两方面，体阴用阳，结构为阴，功能为阳，体在内，用在外，这两者是一个有机的整体，相辅相成。
命门也不例外。
阴阳是相对而言的，元气为功能属于阳，元精是物质属于阴，二者同属于命门天是一个有机的整体。但元气用在外需发布远行，元精体在内需固守舍藏，体阴在内，用阳在外，抽象而言，可以认为这是“阳中有阴”的结构模式。
这与太阳一样，它的外面是光芒万丈的阳气元气，内里是产生热核反应的物质元精，太阳没有内里的热核反应热核反应相当于元精“化生”元气的过程就不会产生能够温煦到大地的天之阳气元阳之气，命门没有元精的生化作用元精“化生”元气的过程就相当于太阳内部的热核反应就不会产生能够温煦到五脏六腑的元阳之气，二者的道理是一样的。
元气又称之为元阳之气，亦称之为命火，是人体一身阳气之根本，这与太阳火是天之阳气的根本同出一辙。所以命门是人体内的天，符合太极阴阳图“阳中有阴”的结构特征。
金木水火土“五脏本皆属阴”，是组成人体内地的内容，而肾水是五脏之阴的根本。
木火土金水五形之火是地火，所以心火是阴中之火，为阴中之阳。抽象而言，可以认为这是“阴中有阳”的结构模式。
实际上，心火主血脉的功能是推动五脏血液循环的根本动力，如果没有心火主血脉的功能，脏腑就难以产生五脏六腑之精气阴气，尤其是心火衰竭就会出现肾水不化的临床病症，这是阴中无阳则其寒必极之证。
与地球一样，虽然地球是由木火土金水五种物质组成，但“万物禀形非水不育”，所以水是地阴之根本。
地火是阴中之火，为阴中有阳的结构模式，如果没有地火氤氲这个内部因素，就不会有泉源之温，地水也就会寒凝不化，这与心火衰竭首先表现的是肾水不化的病症相一致，所以可以认为心火是阴中有阳的结构格局，这也是“人道本乎天道”之证。
五脏是人体内的地阴，所以“五脏本皆属阴”，五脏是一个有机的整体。心火是阴中之火，为地火，是阴中之阳，所以人体内的地五脏符合太极阴阳图“阴中有阳”的结构特征。
五脏是形本属阴，所以五脏阴中有阳也可认为是五脏其形质在外，而功能于内，如心主血脉、肾主水、脾主运化、肺主气、肝主津液等，这些水、血液、食糜、气、津液等物质的代谢过程均在脏器内部完成，是“阴中含阳”的格局；命门则不同，其形质元精在内，而功能元气行于外，其元气元神均至幽至微，杳然不可见，是“阳中含阴”的格局。
太极阴阳图的另一个特征是阴阳相互为用的升降运动，那么命门与五脏也应存在着阴阳相互为用的升降机理。
“五脏本皆属阴”，肾水是阴中之阴，阴中之阴为太阴，所以肾应为太阴之脏。太阴为至盛之阴，所以肾亦称为“至阴之脏”，而位于人体的下极。
命火是阳中之阳，阳中之阳为太阳，所以命门应为太阳之脏。而太阳为“至盛之阳”，所以命门应为至阳之脏，位于人体的上极才是。
命门为至阳之脏而居上，肾为至阴之脏而居下，二者位于人体的两极，成上下对立升降之势以阴阳相互为用，合乎天道。
命火之阳气与肾水之阴气是如何上下升降相互为用首先得明确命门的部位，实际上内经的“命门者，目也”就是指命门的部位所在，即“睛明所夹之处，是为脑心，乃至命之处，故曰命门”。
脑髓有间脑与大脑先后天之区分，两睛明目系所夹之处正是脑髓的中心，脑髓的中心是间脑，所以人们所指的脑心就是间脑。
人类胚胎早期，脑心的侧壁外突，形成视目系，即内经的目睛命门与脑心在发生学上就有着渊源关系。目是脑心的门户，脑心是内经的命