蘑菇崖一战消灭了朝廷悍匪李自成，小颖，哲哲，张华，祖克勇等人，纷纷向李自成道喜祝贺。
林毅摇头，李自成这个传奇的人物，恐怕没这么容易被消灭的。
朝廷剿了他们十几年，杨嗣昌、熊文灿、郑崇俭、傅宗龙、洪承畴、丁启睿、卢像升、孙传庭等这些牛逼轰轰的人物围剿了他十几年，都没有把他剿灭。
特别是潼关南原那一场运筹的多么天衣无缝。都说李自成全军覆没了，插上翅膀也逃不了，就是会驾土遁，也绝无生还的可能。杨嗣昌，丁启睿，洪承畴等人纷纷弹冠相庆，并上书朝廷奏报战功，结果一年时间后，李自成从商洛山中又杀出来了，然后一鼓作气，把崇祯逼得上吊。
相比之下，眼前这一战规模要小得多，因此这一战林毅根本没有抱多大的希望，只是一个小小的胜仗而已，但是他还是立即命人检查俘虏，果然没有李自成。
然后又查验尸体，包括山上的和坠落山崖下面的，对两三千死人和活人千人挨个过了一遍，结果不但没有李自成，连夫人高桂英也没有，另外刘宗敏，李过，李来亨，刘方亮，袁宗第，这些李自成手下的大将也全都没有。
林毅就知道他们肯定跑了，但是这座蘑菇崖四面都是悬崖，只有一处通道，他们从哪里跑了呢经过讯问俘虏和仔细搜山，最后找到了一处隐秘的山洞，洞口为蒿草所覆盖，不知情的人根本看不出来。
找到这个黑洞洞的山洞之后，林毅害怕里面有埋伏，洞口处火铳手，弓箭手全都准备好了，命人往里面喊话，叫他们出来投降，可是喊了好半天没有动静，往里面放了几铳，又射了几箭，也没有回音。
最后命人举着火把冲了进去，到了里面这才发现，这个山洞越往里走，地势越低，越往里走越黑，最后也不知道走了多远，前面豁然开朗，除了洞口以外，就离开了这座蘑菇崖，很明显李自成他们从这里面早跑了。
林毅命令清扫战场，掩埋尸体，对这些投降的兵将，包括流贼的家眷子女，不得杀戮。同时严肃军纪，奸淫掳掠者杀无赦。除了愿意留下来当兵的五六百名俘虏，其余的俘虏连同这些流贼的家属和子女，全都就地释放了。这些人做梦没想到，落到了官军手里，还能够活命，被释放之后，如鸟兽散。
最后林毅带着战利品和五六百名俘虏离开了蘑菇崖。
几日之后，林毅的人马又伙同那三路兵马，往深山里面搜山，结果搜了几天，也没有发现李自成等人的踪影。
林毅等几路总兵只好联名向南阳的杨嗣昌报告此事，并请求班师。
很快杨嗣昌的命令到了，可以班师，林毅等5万官军又撤回了南阳城，杨嗣昌亲自接见了林毅等人，并为他们摆酒宴，祝贺胜利。
然后拟折子上奏朝廷，说这次李自成的人马基本上被全歼，剩余的下落不明，搜了几次山，生不见人，活不见尸，然后在这里等待朝廷的旨意。
这时几百里外的秦岭大山之内，有十几骑正在这里聚集。
领头的正是闯王李自成，后面跟着夫人高桂英等人。
李自成精心选择的号称一夫当关，万夫莫开的蘑菇崖，也一举被官兵攻破了。3000人马，先遭遇了红衣大炮和火铳的袭击，最后上万军队冲进了山崖，李自成的人马彻底挡不住，损失惨重。
当初李自成相中蘑菇崖的时候，并非因为这里地势险要，只有一条通道，什么一夫当关，万夫莫开。这只是其中的一个因素，另外还有一个重要的因素。他发现这里面有个秘密的山洞，能够通到外面。因此才决定在这里建立营寨。
尽管李自成人马的战斗力不行，3000人马，占一半是些乌合之众，只有一半是他老营的人马，战斗力还算可以，冲锋陷阵，攻城占地，全靠李自成手下的大将，但是这一次官兵太多了，众寡太悬殊了加上，加上他们强大的炮火。
李自成手下的将官再能打也支撑不住了，最后李自成他们退进了密道。从密道里钻出来之后，一口气又跑出一百多里，看看后面没有追兵，他们停下来休息，然后清点人数屈指可数，相互一看，算上李自成夫妇，仅剩下十八个人。
具体是李自成，高桂英，慧英，慧梅，双喜，张鼐，刘宗敏，高一功，李过