外的均州大营探望李定国，孙可望就不赞成，心中也极不痛快，他觉得父皇心中的天平已经倒向李定国了。
没想到这次张献忠一去不复返，李定国病倒是假，高桂英和李岩等人来投也是假，这都是林毅之计，李定国和张献忠双双被明军擒住，孙可望得到噩耗后表面上着急，其实他内心里有幸灾乐祸的成份。
但是现在张献忠出事了，两个人的矛盾就捂不住了。因此李定国死里逃生，从明军的囚车里好不容易回到了成都，如龙回大海，但是孙可望见面就要杀他，罪名是莫须有，多亏刘文秀舍命相救，那一次又加深了二人的矛盾。
李定国和刘文透拉走一部分人马占据宜昌，成都只剩下孙可望，赶走了李定国，并把李定国和刘文秀定为反叛，然后孙可望继续打算在成都称帝。
但这时大批的明军杀到了，领兵督师的当然是高桂英，军师是李岩，一二十万明军来势汹汹，而此时大西军闹分裂，双方开战，孙可望连吃败仗。
眼看明军就打到成都了，狡猾的孙可望就想到了李定国，觉得必须得联合李定国才能对抗明军，因此他亲自修书一封，派人送到宜昌李定国之手，赔礼道歉，痛阵利害，兄弟之情跃然纸上，李定国以大局为重果然不计前嫌出兵了，两股大西军合在一起，这哥俩联手果然让高桂英和李岩吃了败仗。
但是好景不长，明军这一败走，孙可望和李定国的矛盾又尖锐了，他们两个就像沙土和粘土一样捏不到一块儿。
原因是他们还得商议下一步的打算，孙可望又要登基，李定国主张继续进兵追歼明军，两派毫不退让，势同水火，一场大战在所难免。
但是论实力孙可望相对雄厚，这些年孙可望作为张献忠最信任的皇长子，虽然这个皇长子是干的，但是张献忠没有亲儿子，这就相当于他的亲儿子，这些年的浴血奋战，共进共退，张献忠早就把这四个儿子视为了亲生儿子。
孙可望这些拉帮结派，除了艾能奇，手下有十几万人追随者，实力非常雄厚，李定国这边除了刘文秀外，现在手下也有十多万拥护者，这样大西京师城都就成了他们两派的一争高下之地。
一场大战互有伤亡，消耗的当然是大西军的势力。
正在这时，高桂英和李岩率领明军卷土重来，一下把大西军杀得大败，这次连大西军的老巢都都丢了。
这哥俩分裂之后，实力大减，根本不是明军的对手，高桂英和李岩节节胜利，一直把大西军的残余赶出了四川。
最后李定国带着一支残兵败将占据了贵州，仍然打着大西的旗号，要与大明决战到底，挽救大西，拯救他的父皇张献忠，因此他在贵州招兵买马，积草屯粮，积蓄力量，等待时机。
孙可望带着一支残兵败将，跑进了云南，想占据云南跟明军纠缠，但是当时云南王沐天波不答应，带着当地的好几万土司军队又跟孙可望干上了，哪知道受到重创的孙可望连沐天波也打不过，想再去联合李定国，也没脸了。
孙可望只好钻了山林，走投无路，濒临灭亡之际，突然得到消息，缅甸王莽达和莽白也开始争皇位了，双方兵戎相见，莽白实力不抵，孙可望就派人联系莽白，表示全力支持莽白，杀败了莽达夺得了皇位，莽白继位后全力支持孙可望，与沐天波再次对阵。
缅甸王从中周旋，人单势孤的云南王沐天波觉得斗不过孙可望和缅甸军，明朝军队又鞭长莫及，而且现在更关键的是老主崇祯皇上不在了，少主人也就是崇祯皇上太子才十五六岁翩翩少年，并没有掌握实权，据说在宫中跟个傻子一样，天天只知道读书，主动把位子让出来了，林毅成了监国。
如果这里面没有猫腻的话，这个太子的确大脑有毛病，他能重新兴大明吗很明显大名大权旁落。
这个经过林毅对他这个云南王态度究竟如何，他心里也没有数。
因此思前想后，最后沐天波选择了妥协，两家联合共谋大业，就这样，在缅军的支持下，孙可望与沐天波兵合一处占据了整个云南。
但是他们双方协定达成一致不再提大西，而是打出了新旗号“清君侧”，目标直指大明监国林毅，他们根本不承认这个监国，说林毅是携太子以令天下，实为窃取大明之国贼，号召天下有识之士讨伐。