史可法离开扬州之后,商毅也立刻着手安排江淮的布置。虽然从理论在来说,现在整个江北都属于商毅的管辖范围,但实际的控制区域其实只有淮河以南,大别山以东的地区。包括凤阳、庐州、滁州、和州、扬州、淮安六府。总面积大约十五万多平方公里。其余的地方,依然都在清军的手里,不过也比商毅现在控制的浙江省大了近一半。
而商毅也作出安排,命刘泽清驻守凤阳、刘肇基驻守庐州。成进驻守扬州、罗远斌驻守淮安。也就是由商家军控制淮东地区、明军接管淮西地区。
因为现在商毅还一口吞不下整个江淮地区,另外这次作战的主战场在淮西,对这一带地区的破坏十分严重,而由余商家军守住了扬州,淮东基本没有受到什么损害,而且以后清军如杲再度南侵,淮西依然还是主战场,因此商毅只能退而求其次,只是把淮东地区先划入自己的实际控制范围。
淮东地区亦可称为苏北地区,实际就是扬州府、淮安府两个府治,但北接山东、南连江南,可以把商毅目前的势力范围连成一片,而且背靠大海,也有利于发挥商家军的海上优势。而另一方面这两个多月以来,商家军在扬州、淮安地区也建立了初步的民众基础,有利于商家军在这里速度建立起统治基础。
扬州府位于长江北岸的出海口,与苏州府隔江相望,而现在苏州府实际也算是商毅的势力范围了,现在江南、江北这两块地区也基本算是连结起来。但目前商家军并没有完全占领整个淮安府,只是控制着黄河以南的地区,淮安府的大部份地区,都还有清军的控制之下,不过由于清军新败,现在这一地区的统制基础十分薄弱,因此商毅的下一步目标就是渡过黄河,发动鲁南战役,收取整个淮安府,打通江淮和山东的连结。
不过江淮之战结束以后,商家军的士兵也十分疲劳,需要进行一段时间的修整,还有损失的士兵也需要补充,而且这一次作战,也需要和山东的商家军配合作战,分从南北两路一起用兵才行。因此商毅也决定,命各路人马暂时休整十到十五天的时间,然后再发动这次战役。
而在休整的同时,商毅也下令到登州,招周少桓到淮安,和自己会面,一方面商议一下两路用兵的计划,另一方面也想详细了解山东战区这几个月以来的发展情况；又命令第五师返回江南去驻扎,第一、三、四师留在江北,一面休整,一面备战。并且又通知杭州的叶瑶瑱和周士奇,马上安排调动一批行政人员过去,要在扬州和淮安建立起商家军的行政机构糸统。
接到了商毅的命令之后,周少桓也和唐镇两人立刻动身乘船南下,因为约定是在淮安碰头,路程比到杭州也减少了一半多,因此只用了九天时间,周少桓就赶到了淮安。
这时成进、段鹏、杨武丞、罗远斌、王信等人都在淮安聚齐,周少桓、唐镇和他们差不多有一年没见面了,这次相见,自然都是十分高兴,拍肩搭背也少不了,互相之间都问候一番之后,周少桓和唐镇才见到商毅,两人首先向商毅汇报了在他离开山东之后,商家军在山东的进展情况。
进入弘光元年（1645年）之后,山东虽然也是战事不断,但基本都是千人以下规模的小战斗,因为周少桓也牢记商毅离开时候的教导,不以夺取大城市为目地,也不发动大中规模的战役,仍然是以小规模游击战为主,把部队分散为以营为单位,寻找机会打击清军的薄弱环节,并逐步向济南府、兖州府的地区渗透。
尽管商家军这样的战术,令驻守阿巴泰十分头疼,但他也不敢冒然进兵,只能分兵把守各处要地,被动的防守,目前总算还是保住山东现有的州府城市,至于县城,也就只好听之任之,因为阿巴泰也实在是力不能及。
到了四月份的时候,商家军的实际控制区域己经大大增加,在青州府境内,只有北面的青州、临淄,南部的莒州、蒙阴等少数城市还在清军的控制之下,而其余的广大地区都被商家军占领。而且商家军还占领了济南府的东北的利津、蒲台、沾化、海丰、阳信等县以及附近的乡镇,现在商家军在山东地区的实际控制面积达七万平方公里左右,约占山东总面积的四成左右,户籍四十二万七千户,人口有一百九十二万四千余人。
在军事建设方面,山东商家军的数目也进一步扩大,除了第二