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林飞离开n阳神教后，凌紫嫣告诉他，突然看到了赵青山，林飞疑窦重生，与凌紫嫣一路追踪下去，现已被死掉的赵青山果然复活。
林飞将之抓住，逼问出真相，得知送镖那r镖局中有一高手在，那高手暗喜凌紫嫣，将一毒放入赵青山茶水中，谁知那慢n毒正好与当r毒箭之毒相克，其埋在地下，毒气挥，反而成就其一身功力，获得一身骇人毒功。
林飞正想逼问出那高手，赵青山被人救走，一路疾追，途红多处武林名宿之地，现不少武功绝的高手被杀死，后被一少林大师告知，江湖中一直有一个神秘帮派，专门猎杀武功过一定程度的好手，所以不少高手故意不让自己的武功太高，以免被害。
林飞大奇，寻踪而去，却现杀害武功高手的人当中也有枪支，林飞将这些人抓起来，逼供出来，得知世上有一个奇怪的组织，专门研究人类生命的秘密，所以控制着手下将武功奇高之人杀害，用冰块镇住脑中某一神秘组织，带往基地。
林飞设陷井引来那组织中人，谁知来的却是n阳神教的幕后黑手，他们手中居然有一种强大的激光武器，一下子将林飞和凌紫嫣轰掉半边身体，三姑娘突然适时赶来，将两人救走，途中使用林飞身上的神奇珠子保住两人之命，护送到一个神奇的基地。
在基地中使用基因分析仪重新培养出另一个林飞与凌紫嫣的身体，再把他们的意识移植过去，谁知基地中突然出现大批克隆战士，幸好得到三姑娘的大哥所救。离开后方知三姑娘身世。
原来这世界曾有过高级文明，文明灭后，史前人类留下了一个级智脑和基因库，本意是要让世界恢复辉惶，谁知级智脑为了研究生命的秘密，制造出大量人类后，在人类体内植入了生物监视仪器监视人类的进化历程，凡是有人修炼到了一定程度，智脑就会派出克隆战士将级武林高手杀死，送回去研究。
而三姑娘与五姑娘都是克隆战士之一，不过三姑娘已经完全背叛，而五姑娘在背叛于半妥协间摇摆不定，加上三姑娘身边侍女野心大而搞风搞雨，才弄出一系列的事情。
至于三姑娘的大哥，居然是智脑内部的病毒在搞破坏时，将智脑的部份意识和大量数据灌输到一个克隆战士身上的。他大哥自清醒后，便率一批战士离开，暗中阻止智脑的活动。但是智能在控制克隆战士抓捕武林高手的同时，还克隆另一批异能人，用不同手段控制他们，让他们再去控制n阳神教，通过黑白二道控制整个江湖，又控制了皇帝，让三姑娘他们的行动大为艰难。
林飞得知其中情况，从三姑娘大哥处学到诱生命禁区神秘力量的方法，在恢复自身力量的同时，回到江湖，现改造生命禁区的方法居然传遍了整个江湖，各种变异人纷纷出现，不少变异人死亡后，脑中出现晶核，晶核被各种生物吞食，世界上各处都是各种各样的怪物。
不得已下，林飞等人再次闯入智脑中心，但此时智脑在他们到来前，智脑利用对生命的理解，创造出一个人类的躯体，将自己的意识移植进去，成为一个级的存在。林飞等人败退，一路逃到西方，途中收集各种怪物和各种变异人的晶核，利用晶核来提升自己的力量，不断地进化，最终联合了西方的地下势力，截走智脑留在西方的一个分基地，利用基地创造出大量的人类，并改造之，形成联盟，一面抵抗西方的敌对势力，一边派人打回中土。
此时的中土已完全分成三派，一派是原来的正常人类和部份克隆战士，在有志之士的组织下团结在一个地方，从林飞曾掉落的山谷中找到远古时的一座大厦，克隆战士从芯片中提取出当年某个电子书库的全部数据，获得大量的远古修炼秘籍，供正常人修炼，并夺取各种怪物脑中晶核提升力量，另一派是随意进化派，有真正强者，也有变成烂肉的存在，有吸血鬼，有恶魔，有妖n，第三派是智脑进化出来的生命体，及其大批手下。
林飞联合志士，消灭随意进化派的人，经过多番曲折，渐得优势，后选手下一个，叫公孙的人为领，率众人与智脑进化出来的生命体战斗，而林飞等人潜入智脑中心，引远古时期留下的核武器，产生的场面惊天动地，最终获得了胜利。
胜利的公孙易名为轩辕黄帝，把智脑中心说