南帝的大理国君、全真教的创派祖师中神通王重阳、桃花岛岛主东邪黄药师、丐帮的帮主北丐洪七公和白驼山庄的主人欧阳峰，五人之中，最后真经被中神通带回了终南山。后来一代大侠郭靖机缘巧合之下学得了全本真经，在他和妻子女儿、女婿在襄阳为国殉难之后，而他的儿子郭破奴带着了真经回到了桃花岛，全身心地埋头研究武功，桃花岛和郭家一门除了创立娥眉派的郭襄女侠还行走于江湖之中外，他们也与江湖绝缘了。
话分两头，在郭靖大侠中年的时候，他的结拜兄弟的儿子杨过自小父母双亡，被他送到天下道教正宗的全真教去学武。可是全真教教规森严，天性叛逆的杨过在教中吃尽苦头，忍无可忍，终于逃出全真教。被活死人墓中的小龙女收留为徒。师徒二人在墓中一起练武、一起长大，渐生情愫。可杨过懵然无知，而不明事故的小龙女独自离开了古墓，杨过四处寻找小龙女，在寻找小龙女的过程中恍然明白小龙女对自己的爱意。中间的发生种种误会，最终让两位有情人难以成为眷属，而杨过也不得不苦苦地等待着他的姑姑。
杨过至情至性，勇猛刚烈,风流佻达，机变多智，充满活力而又重义爽朗，加上年轻漂亮，武功过人体态潇洒，对一干少女可以说具有一种天然的吸引力，更何况这位少年英侠到处留情，虽似是而非却是风流潇洒，以惹下情事为快乐。
在他闯荡江湖之中的时光之中，江湖之中的女子程英、陆无双两位女子深深地喜欢上了他，对他一往情深，终身非君不嫁；可他却仅仅对自己师傅一往情深，不得不辜负这些女子的真心在离别十六年之后，师徒二人最终相聚，已经是江湖上鼎鼎大名“神雕侠”杨过更是在襄阳鏖战的关键时刻，凭借其高强武功于万军之中杀死蒙古皇帝，蒙古大军崩溃，在襄阳就要失守时解了襄阳十六年的围困。经此一役之后，神雕侠侣天下扬名，杨过却带着小龙女悄然隐退。
可三位喜欢他的女子却苦苦地等待着他，而心灰意冷的郭襄最终创立了娥眉派；程陆两姨姐妹也从此生活在一起，看见宋朝覆灭，无数无家可归的孤女，就将她们收为弟子，传授给她们神雕大侠所留下的玉女心经，最终创立了玉女宫。两位创派祖师当年在江湖之中也仅仅二流高手，知道自己修为无法达到神雕大侠那样的境界，两人就将宫规第一条规定为：所有门人必须隐居在玉女宫中研究完善玉女心经，玉女心经一日没有超越九阴真经，玉女宫门人也就一天不可在江湖之中现身。这一样一条规定，让她们门派足足四百年没有在江湖之中出现过，更没有任何门人出嫁过，江湖之中更没有人听说过玉女宫这个名字，它比任何的门派都还要神秘。
可是，江湖的本来格局，玉女宫的神秘，都在三十年之前，被一个平凡的书生打破了。
万历三十五年，江湖之中出现了一个绝代书生，他拥有超人一等的智慧和记忆。
他虽然没有修炼过任何功夫，可却有一双特别的眼睛，能够将武林之中无论使用得多么快速的任何招式都可以清晰地看到。可更难能可贵的事情却是，凡是所有人使用过一次的武功，他不但可以完全记忆住，更可以瞬间从中寻找到破绽。
江湖各个门派对他的本事也很是佩服，也欢迎着他到自己的门派做客，指导招式之中的破绽，以此提高本门的武功。当他到达我们华山时候，我更是不断地挽留，让他在华山上足足待了两年时间。两年之中，他毫不保留地帮助我，修改完善着各种武功招式，连我们门派修炼内力的掌法“混元掌”也是他所创造的。而本来残缺的独孤九剑也是他所完善的。
为了感激他，我也将传授他本门功夫，不幸的是，他天生就不能够修炼功夫。
他在江湖之中待了足足十年时间，也走遍了大江南北、会齐过江湖中大小门派，可江湖门派再也没有可以让他完善的功夫。而我就将他引导到了玉女宫，他也没有辜负我的期望，用了仅仅一年时间，就将玉女宫的创派神功玉女心经完善到了及至境界，也可以与九阴真经相媲美。
受到他恩惠的玉女宫当代宫主同时将他引导到了已经四百年没有现身江湖的桃花岛。在岛上发生过什么事情，没有任何人知道，因为当事人都三缄其口，从来不肯透露一点。一年之后，书生携带着岛主十六岁的女儿回到了中原，于当